Когато се активира CNC система, желаните разфасовки се програмират в софтуера и се диктуват на съответните инструменти и машини, които изпълняват задачите с размерите, както е посочено, подобно на робот.

При CNC програмирането генераторът на кодове в рамките на цифровата система често приема, че механизмите са безупречни, въпреки възможността за грешки, която е по-голяма, когато една CNC машина е насочена да реже в повече от една посока едновременно.Поставянето на инструмент в система за цифрово управление се очертава от поредица от входове, известни като програма за детайли.

При машина с цифрово управление програмите се въвеждат чрез перфокарти.За разлика от това, програмите за CNC машини се подават към компютрите чрез малки клавиатури.CNC програмирането се запазва в паметта на компютъра.Самият код е написан и редактиран от програмисти.Следователно CNC системите предлагат много по-голям изчислителен капацитет.Най-доброто от всичко е, че CNC системите в никакъв случай не са статични, тъй като по-нови подкани могат да бъдат добавени към вече съществуващи програми чрез преработен код.